Ks. Ignacy Kłopotowski umiera nagle na zawał serca dnia 7 września 1931 roku na plebani Parafii Matki Bożej Loretańskiej w Warszawie. Ciało jego zostało złożone na cmentarzu na Powązkach. Zgodnie z jego wolą zostało ono przewiezione do Loretto i złożone w grobowcu wybudowanym przez siostry loretanki dla swego Założyciela dnia 26 września 1932 roku.