Ks. Ignacy Kłopotowski umiera nagle na zawał serca dnia 7 września 1931 roku na plebani Parafii Matki Bożej Loretańskiej w Warszawie. Ciało jego zostało złożone na cmentarzu na Powązkach. Zgodnie z jego wolą zostało ono przewiezione do Loretto i złożone w grobowcu wybudowanym przez siostry loretanki dla swego Założyciela dnia 26 września 1932 roku.
W 1930 roku teren pod cmentarz wyznaczył w Loretto sam ks. Ignacy Kłopotowski wyrażając swą wolę bycia pochowanym w tym własnie miejscu.
W roku 2000 dokonano ekshumacji i przeniesiono doczesne szczątki Sługi Bożego z grobowca do sarkofagu w Sanktuarium. W grobowcu pozostawiono relikwie w trumnie, w której spoczywał od 1932 roku.
W Warszawie podczas Kongresu Eucharystycznego 19 czerwca 2005 roku ks. Ignacy Kłopotowski został beatyfikowany. Odtąd czcimy go na ołtarzach, a Bóg za jego wstawiennictwem użycza swoich łask.
